在合同管理系统的合同收款方面，经办人选择履约合同以及本次收款项，填写收款说明、发票开具说明等信息，经财务等相关部门以及管理者审阅后，由出纳收款并记录收款情况，流程结束后保存收款情况到合同档案信息中。

在合同付款方面，合同管理系统的经办人选择履约合同以及本次付款项，填写付款说明、发票情况等信息，经财务等相关部门以及管理者审批后，由出纳付款并记录付款情况，流程结束后保存付款情况到合同档案信息中。

而在合同管理系统中合同执行可以分为变更和补充。

合同执行过程中需要对合同内容进行变更时，合同管理系统设置的经办人根据实际情况填写需要变更的信息（金额、履行期限、收款信息、付款信息等）并上传变更合同的送审文档，经相关部门及管理者审批后，经办人根据审批意见修订合同文本并记录修改情况，上传变更合同的正式文档。相关人员打印正式文档并签章后，经办人记录变更合同的签订日期，之后相关的变更内容保存到对应的合同档案信息中。

然后是合同管理系统中对于合同的补充 ，合同执行过程中需要对合同进行补充时，经办人根据实际情况填写需要补充的信息（补充原因、补充内容等）并上传补充合同的送审文档，经相关部门及管理者审批后，经办人根据审批意见修订合同文本并记录修改情况，上传补充合同的正式文件。相关人员打印正式文档并签章后，经办人记录补充合同的签订日期。